En médecine traditionnelle, le médicament a une dimension essentiellement symbolique, et les guérisseurs ou les chamanes appliquent une théorie d'ordre analogique, la " théorie des signatures ", en vertu de laquelle il est possible d'agir sur une personne, un esprit ou une chose par l'intermédiaire de son image. Dans cette idée, les haricots, qui ont la forme des reins, peuvent être recommandés contre les maladies de ces organes ; les plantes à latex blanc sont administrées contre les problèmes de sécrétions ; les espèces à sève ou feuilles rouges dans les désordres sanguins, etc.
Ce raisonnement est dans les sociétés traditionnelles, qui sont rurales, le principal outil d'exploration des plantes. Le tradipraticien, c'est-à-dire le guérisseur, l'applique souvent à la suite de rêves ou par divination, pour déterminer la cause de la maladie, le traitement et les plantes nécessaires. La validité de la théorie n'est pas remise en cause par un échec du remède, cet insuccès étant attribué à une mauvaise conduite du traitement (tabous enfreints, rites mal observés, etc). Les essais successifs ne constituent donc pas une expérimentation de type scientifique, mais une suite de tentatives d'action magique dont on ne peut tirer de conclusion évidente.
Les essais des remèdes ainsi choisis sont faits directement sur les patients. Grâce à cet embryon d'expérimentation de type clinique, une sélection empirique s'est faite au fil des siècles. Les pharmacopées traditionnelles rassemblent donc un ensemble hétéroclite d'espèces biologiquement actives et d'espèces magiques sans activité pharmacologique.