Les espèces évoluent dans le temps : elles apparaissent, se développent puis disparaissent, soit que les conditions d'environnement aient changé, soit que la compétition avec d'autres espèces devienne trop rude. L'extinction des espèces est donc un phénomène naturel, indispensable à l'évolution du vivant. La durée moyenne estimée de l'existence d'une espèce varie entre 2 et 8 M.A.
En dehors de ces extinctions normales, on constate des crises d'extinctions qui témoignent de bouleversements écologiques à l'échelle planétaire : altérations climatiques profondes, ouverture de mers par la séparation de masses continentales, phases d'activité volcanique de grande ampleur. Ces crises sont parfois attribuées à des phénomènes astronomiques, tels que la collision avec une météorite géante, et certains ont cru y déceler une périodicité de l'ordre de 26 millions d'années.
A la lenteur de ces extinctions, à l'échelle des temps géologiques, on peut opposer la cadence infernale d'érosion de la biodiversité imposée par les activités humaines en cette fin du 20ème siècle. La destruction d'écosystèmes complets entraîne l'extinction de milliers d'espèces qui y vivent. On estime que dans moins de 10 ans, 5 à 20% des espèces auront disparu du fait des activités humaines ! La surpopulation des pays pauvres, mais aussi la négligence des sociétés industrialisées, entraînent déforestation, perturbation des systèmes hydriques, pollution chimique et organique, effet de serre... et l'indifférence quant aux destructions n'est pas le triste monopole des pays défavorisés.
C'est seulement dans la deuxième moitié du 19ème siècle que les premières récoltes dans les profondeurs des océans ont ramené des fossiles vivants, dont les plus remarquables sont les crinoïdes pédonculés. Les naturalistes embarqués sur le " Challenger " espéraient même retrouver en profondeur des mondes perdus. Ils ne se trompaient pas totalement ! Les découvertes de ces 10 dernières années dans la zone bathyale supérieure de la Nouvelle-Calédonie montrent qu'il subsiste bien dans les profondeurs des faunes supposées disparues : ainsi le crinoïde pédonculé Gymnocrinus richeri, qui appartient à une radiation Jurassique supposée éteinte. Il semble que la fréquence de ces formes archaïques soit particulièrement élevée dans notre région. On a ainsi retrouvé des spongiaires " disparus ", des espèces du groupe des sphinctozoaires supposé éteint depuis le Paléozoïque ; un représentant vivant des graptolithes, groupe qui était florissant il y a 400 M. A.; des mollusques Pleurotomariidae, des brachiopodes, des bryozoaires... Ces reliques du passé vivent actuellement dans les profondeurs marines au sud de la Nouvelle-Calédonie.