L'accumulation des observations biologiques a conduit à classer les formes vivantes en cinq grands règnes :
_ les procaryotes qui comprennent les bactéries et les cyanophycées (4000 à 3 millions d'espèces);
_ les protoctistes qui regroupent les eucaryotes unicellulaires (40000 à 200000 espèces) et les algues (40000 à 10 millions d'espèces);
_ les champignons (70000 à 1,5 million d'espèces) ;
_ les animaux pluricellulaires (1 million à 100 millions d'espèces);
_ les plantes (250000 à 500000 espèces).
Les virus, dont le nombre est estimé à 500000 (5000 sont connus), n'entrent pas dans cette classification. Ils sont les seuls à ne pas présenter une morphologie cellulaire et sont constitués d'ADN et de protéines. Adaptés à la vie parasitaire, ils ressemblent plus à leurs hôtes qu'ils ne se ressemblent entre eux !
On reconnaît actuellement 25 à 35 embranchements parmi les animaux, ce qui représente des milliers de familles et des millions d'espèces. Cette classification du monde vivant devrait avoir des conséquences sur la terminologie utilisée en écologie : il serait utile de redéfinir certains mots couramment utilisés tels que faune et flore, héritages du temps encore récent où l'on distinguait seulement deux règnes, animal et végétal. On parlait alors de " flore bactérienne ", on divisait les unicellulaires en " algues unicellulaires " et " protozoaires " selon qu'ils possédaient ou non des chloroplastes, et les champignons avaient le statut de " plantes non chlorophylliennes ".
La grande imprécision dans l'estimation du nombre des espèces vivant actuellement sur notre planète provient de plusieurs causes :
_ l'insuffisance de l'exploration de certains milieux (océans, forêts tropicales...);
_ la difficulté d'observer, de séparer et de décrire les très petites espèces;
_ le manque de taxonomistes spécialisés dans plusieurs groupes;
_ les synonymies existantes parmi les espèces déjà décrites.
Lorsque les progrès techniques permettent d'entreprendre l'étude coordonnée d'un nouveau milieu, ou l'exploration d'une nouvelle échelle de dimension, notre connaissance du vivant fait un bond en avant prodigieux. Certains biotopes très riches en espèces ont été " découverts " récemment : la canopée des forêts tropicales humides qui a révélé une énorme diversité en insectes; ou encore les zones bathyales des océans (200-2500 m) où les organismes benthiques semblent s'être concentrés.