Dans ce domaine, le cheminement de la pensée a été difficile. Car si la diversité tire son origine des variations au niveau le plus élémentaire de la vie, l'homme la perçoit d'abord dans son expression sur l'apparence des individus (leur phénotype) et sur les " types " élémentaires auxquels il rapporte ces individus : les espèces. Le problème de l'espèce est lié à la difficulté de rassembler les individus en groupes distincts sans ambiguïté, tout en reconnaissant la présence de variations dans le temps et dans l'espace. D'un point de vue historique, ce concept d'espèce est difficilement dissociable du problème des classifications et de la mise en place des idées sur la genèse et l'évolution des êtres vivants.